Il piccolo borgo situato nel cuore del Parco Nazionale del Gargano è un’importante meta del turismo religioso internazionale, grazie alla figura di Padre Pio da Pietrelcina, che qui visse e operò. Il fulcro della devozione, destinazione di costanti pellegrinaggi, è la cripta del Convento di Santa Maria delle Grazie, dove sono conservate le sue spoglie.

Il centro storico di San Giovanni si sviluppa in una rete di stretti vincoli e angoli suggestivi che ripropongono immagini di un passato antico.

Importante è il suo patrimonio di chiese, tra cui è da ricordare quella consacrata a San Giovanni Battista (che in origine un tempio pagano dedicato al Dio Giano). Dalla forma retrostante di questa chiesa, costituita da un battistero rotondo, derivò l’attuale nome del paese.